La figura di Martin Lutero e il suo ruolo nella Riforma protestante continuano a suscitare dibattito e interpretazioni diverse, anche nel contesto ecclesiastico contemporaneo. Papa Francesco, nel ricordare il cinquecentesimo anniversario della Riforma, ha sottolineato l'intento originario di Lutero: «rinnovare la Chiesa, non di dividerla». Ha contestualizzato tale desiderio evidenziando le problematiche dell'epoca, come la corruzione, la mondanità e l'attaccamento ai beni materiali e al potere, che rendevano la Chiesa del tempo «non proprio un modello da imitare».

A inserirsi nel dibattito è intervenuto il Cardinale Gerhard Ludwig Müller, ex prefetto della Congregazione per la Dottrina della Fede, con la pubblicazione di un "Manifesto per la fede". Müller ha ribadito che l'obiettivo di Lutero era la riforma e il rinnovamento della Chiesa, mirando a purificarla dagli errori dogmatici che avevano condotto a pratiche pericolose, senza voler colpire l'unità ecclesiastica. Egli sostiene che i Riformatori desideravano un rinnovamento in linea con il Vangelo, ma che la loro visione si è posta in opposizione a quella cattolica, distinguendosi da una presunta coalizione con la cultura secolarizzata del Rinascimento, un'interpretazione che Müller definisce "protestantizzata".
Il Cardinale Müller, pur riconoscendo Lutero, Zwingli e Calvino come "riformatori", evidenzia come essi non avessero l'intenzione di spezzare l'unità della Chiesa in favore di una molteplicità di denominazioni. In quest'ottica, Müller attribuisce la responsabilità dello scisma ai seguaci di Lutero, salvaguardando le intenzioni iniziali del monaco agostiniano. Secondo il Cardinale, la Riforma storica del 1517 può fungere da stimolo per tutti i cristiani, promuovendo un rinnovamento in Cristo e rafforzando la credibilità dei pensieri e delle azioni.
Il pensiero di Lutero, secondo Müller, non va rigettato integralmente, ma può essere valutato come forma di correzione. Egli suggerisce che, attraverso il Concilio Vaticano II, sia possibile accogliere le preoccupazioni di Lutero e liberare la fede cattolica da una "controversa escalation teologica". Questa posizione del Cardinale Müller si allinea con le affermazioni di Papa Francesco, Benedetto XVI e Giovanni Paolo II.
Un importante precedente si trova nel lavoro del 1983 della Commissione Congiunta Cattolica Romana-Evangelica Luterana, voluta da Papa Wojtyla. Questa commissione definì Lutero un "testimone di Gesù Cristo", affermando che «i cristiani, siano essi protestanti o cattolici, non possono ignorare la persona e il messaggio di quest’uomo». Successivamente, nel documento del 2013 della Commissione Luterano-Cattolica per l'Unità, di cui l'allora vescovo Müller era co-presidente, si leggeva: «Alla luce dell’indubbio rinnovamento della teologia cattolica che il Concilio Vaticano II ha operato, oggi i cattolici sono in grado di comprendere le preoccupazioni riformatrici di Martin Lutero e di considerarle con un’apertura mentale maggiore di quanto sembrasse possibile in precedenza. L’implicita condivisione delle preoccupazioni di Lutero ha portato a una valutazione nuova della sua cattolicità, che si è concretizzata nel contesto del riconoscimento che la sua intenzione era quella di riformare, e non di dividere, la Chiesa».

Nonostante le accuse mosse a Papa Francesco di "riabilitare Lutero", il Cardinale Walter Brandmüller, noto per aver firmato i Dubia sull'Amoris Laetitia, ha espresso posizioni che vanno ben oltre quelle di Bergoglio. Nel 2017, il Cardinale tedesco analizzò gli errori teologici del padre della Riforma, pur affermando che Lutero mirava a «salvare la missione di Cristo» e che vi era «bisogno di un ritorno liberatorio alla pura origine che era il Vangelo incontaminato», in contrapposizione a una Chiesa divenuta «meretrice babilonese».
Lo storico della Chiesa Emidio Campi ha spiegato che la questione delle indulgenze fu il fattore scatenante che indusse Lutero a rendere pubbliche le sue nuove concezioni. Le indulgenze, infatti, finirono per confondere la pena temporale con la colpa, promettendo il perdono dei peccati mediante l'acquisto di una bolla, o addirittura la liberazione dell'anima dal Purgatorio.
La rivista InStoria ricostruisce la situazione della Chiesa rinascimentale, evidenziando come il potere monarchico del Papa, la sua ingerenza nella sfera politica, il nepotismo, la corruzione e la mondanità abbiano generato un diffuso consenso popolare contro la Chiesa di Roma. Il culmine dell'avarizia e dell'immoralità raggiunto con le indulgenze spinse Lutero, indignato, a redigere le 95 tesi, nelle quali smascherava alcuni insegnamenti errati della Chiesa.
Il Cardinale Brandmüller ha sottolineato che la Riforma portò a una rivoluzione completa e non cattolica della fede cristiana, ma che Lutero non intendeva lo scisma della Chiesa. Il suo errore, secondo Brandmüller, fu di volere che «tutta la Chiesa accettasse “il suo Vangelo” della “sola scriptura, sola fides, sola gratia”». Lutero stesso scrisse che, in caso di accettazione, avrebbe baciato i piedi al Papa. Egli rimase convinto della verità esclusiva delle sue idee, derivate dalla sua profondità esistenziale, e per Lutero «non si può mai dare una ragione per separarsi dalla Chiesa romana».
Il tentativo della Chiesa odierna è quello di trovare un punto d'unione con i fratelli di altre confessioni cristiane. Benedetto XVI sottolineò a tal proposito la necessità di non perdere, sotto la pressione della secolarizzazione, «le grandi cose che abbiamo in comune, che di per sé ci rendono cristiani e che ci sono restate come dono e compito».
È interessante notare come, quando ancora Cardinale e Arcivescovo di Buenos Aires, Jorge Mario Bergoglio, fosse più libero di esprimere giudizi più severi sulla Riforma. Il teologo valdese Paolo Ricca ha ricordato una conferenza in cui Bergoglio definì Martin Lutero "eretico", aggiungendo che la posizione luterana generava la dissoluzione dell'uomo o il superuomo nietzschiano, entrambi interpretabili come "la morte di Dio" e un paganesimo che poteva assumere forme organizzate, come nel nazismo e nel marxismo.