L'eremo è un luogo di profonda spiritualità, edificato sulle terre dove san Francesco d'Assisi era solito ritirarsi in contemplazione, preghiera e penitenza. Questi momenti di ritiro erano condivisi con i suoi primi compagni, in un'area caratterizzata da una piccola chiesa e circondata da grotte, già frequentate da eremiti in età paleocristiana.

San Francesco e il Tesoro Nascosto
La "Leggenda dei tre compagni" (IV, 12 - Fonti francescane, n.) narra di un episodio significativo: «Conducendo un suo compagno, che aveva molto amato, in località fuori mano, gli diceva di avere scoperto un grande e prezioso tesoro. Quello ne fu tutto felice e volentieri si univa a Francesco quando era invitato.» Spesso Francesco lo conduceva in una grotta, presso Assisi, ma vi entrava da solo, lasciando fuori l'amico, impaziente di impadronirsi del tesoro spirituale che vi trovava.
Evoluzione Storica della Struttura
Nel XIV secolo, alla cappella originaria si affiancò un piccolo cenobio. Tuttavia, l'aspetto attuale dell'eremo fu raggiunto solo grazie all'ampliamento voluto da san Bernardino da Siena nel 1426, che ne definì la configurazione che oggi conosciamo.

La Prova di Frate Ruffino e la Tempesta
La vita nell'eremo non era priva di sfide spirituali, come testimonia la vicenda di frate Ruffino. Il demonio gli apparve più volte in forma di Crocifisso, insinuando che le sue opere fossero vane perché non era tra gli eletti alla vita eterna. Per rivelazione divina, san Francesco venne a conoscenza di queste tentazioni e aiutò frate Ruffino a riconoscere il suo errore, avendo creduto alle menzogne del maligno.
Un giorno, tornando alla sua cella nella selva e immerso nell'orazione con molte lacrime, frate Ruffino fu nuovamente visitato dal nemico. Questi apparve con le sembianze di Cristo, dicendogli: "O frate Ruffino, non t' ho io detto che tu non gli creda al figliuolo di Pietro Bernardoni, e che tu non ti affatichi in lagrime e in orazioni, però che tu se' dannato? Che ti giova affligerti mentre che tu se' vivo, e poi quando tu morrai sarai dannato?". Frate Ruffino, con una risposta immediata e decisa: "Apri la bocca; mo' vi ti caco", mise in fuga il demonio.
Il demonio, indignato, si allontanò immediatamente provocando una tempesta e una commozione di pietre dal monte Subasio così violenta che il rovinìo delle pietre si protrasse per un lungo spazio. Il rumore terribile e il bagliore di fuoco orribile sprigionato dalle pietre che rotolavano nella valle fecero sì che san Francesco e i suoi compagni uscirono dal luogo con grande ammirazione per vedere l'accaduto. Ancora oggi, si può osservare quella grandissima rovina di pietre, testimonianza dell'evento.
5 CURIOSITÀ CHE NON CONOSCI SU SAN FRANCESCO!
Protezione del Percorso
A protezione del percorso dell'eremo, fu costruito un muro nel 1609 per volere del cardinale Alessandro Damasceni Peretti (1571 - 1623), consolidando ulteriormente la struttura e preservandone l'accesso.