Il complesso ipogeico di Santa Maria della Grotta, situato "extra moenia" alla periferia di Marsala, in una zona caratterizzata da latomie e grotte, vanta una storia millenaria e complessa. Quest'area è stata destinata a necropoli dai Punici e dai Cristiani, oltre che a rifugio per i Lilibetani durante le invasioni dei Vandali e dei Saraceni.

Dalle Origini Puniche al Periodo Paleocristiano
La storia dell'area su cui sorge la chiesa ha inizio con la nascita della città punica di Lilibeo, agli inizi del IV secolo a.C. In questa prima fase, l'area era destinata a necropoli, con numerose tombe scavate nella roccia del pianoro, che in seguito sarebbe diventato il sagrato superiore della chiesa. Le indagini archeologiche, supportate da testimonianze storiche, hanno rivelato diverse tipologie di sepolture: tombe ipogeiche a pozzo verticale (in alcuni casi con camera funeraria), a fossa rettangolare o quadrangolare, utilizzate per inumazioni e incinerazioni entro anfore, scavate a varie profondità.
Tra la fine del II e il III secolo d.C., durante la fase di espansione edilizia coincisa con la deduzione della colonia Helvia Augusta Lilybitanorum, l'area fu sfruttata come latomia, ovvero cava di pietra, come attestano i tagli nella roccia riconducibili all'estrazione del tufo necessario per le costruzioni. Successivamente, in periodo paleocristiano, le latomie cessarono la loro attività e l'area fu destinata a catacombe, una trasformazione d'uso che comportò lo scavo di arcosolii e nicchie nelle pareti delle latomie abbandonate.
Indagini archeologiche effettuate nel 1996 dalla Soprintendenza di Trapani hanno evidenziato la presenza, lungo il fronte orientale della latomia, di due complessi di arcosoli con pianta a croce, scavati totalmente nella parete rocciosa. Nell'area antistante furono ritrovati diciassette sarcofagi monolitici, realizzati in calcarenite e ricoperti da uno spesso strato di intonaco bianco. In particolare, uno di questi arcosoli (arcosolio G) presentava l'intradosso decorato con simboli cristiani, come rose rosse e il doppio monogramma di Cristo, entro riquadri quadrangolari dipinti in rosso. Poco ad est dell’area di Santa Maria della Grotta, all’interno di una grande latomia, si trova anche il Complesso dei Niccolini, adiacente alla chiesa della Madonna dell’Itria e al contiguo ex-Convento dei Padri Agostiniani.
L'Abbazia Basiliana e il Monachesimo Greco
La fondazione della Chiesa di Santa Maria della Grotta è riconducibile all'XI secolo per opera dei Monaci Basiliani. Tuttavia, la sua esistenza è attestata con certezza solo nel secolo successivo da un documento del 1128, in cui Ruggero II conferma ai Basiliani di Marsala i privilegi concessi dai propri genitori, Ruggero I e Adelasia (1097-98). Dopo la conquista normanna, le cavità sotterranee, ricavate dal taglio delle latomie e dai pozzi d'accesso agli ipogei punici più antichi, assunsero la funzione di cenobio per una comunità basiliana di rito greco, rese sacre dalla presenza delle sepolture cristiane della fase precedente. Nel 1097, il conte Ruggero emanò un importante diploma che istituiva a Marsala la prima fondazione cristiana dopo il periodo di dominazione islamica, denominandola “Santa Maria della Grotta” proprio in virtù della sua natura sotterranea.
I monaci, insediatisi nel complesso delle grotte, adattarono il luogo così come si presentava, realizzando solo semplici opere per fini cultuali. Per segnalare e custodire l'accesso all'abbazia, venne edificata una torre, decorata con arcate cieche a rincasso, che fu poi trasformata in campanile. Di questa originaria chiesa normanna, demolita durante l'ampliamento settecentesco, restano i ruderi di un edificio longitudinale ad archi ciechi rincassati. Alla sparuta comunità di monaci basiliani vennero affidati anche altri possedimenti e piccole chiese: in città, San Giovanni Battista al Boeo, San Pantaleone a Mozia e Santa Croce; fuori città, San Michele Arcangelo o Sant'Angelo al Rinazzo, presso il feudo Farchina, Santa Venera e un ampio giardino in località Eraclia, l'odierna Rakalia.
La presenza basiliana è testimoniata dall'esistenza, negli ipogei scavati nel tufo, di alcuni dipinti ad affresco raffiguranti Santi, ritrovati durante i lavori di ampliamento del 1712. A testimonianza dell’uso delle grotte come cenobio basiliano rimangono alcuni altari intagliati nella viva roccia e una serie di affreschi di soggetto sacro, databili tra il XII e il XVII secolo. Sebbene il loro stato di conservazione sia precario, essi rivestono un significato assai importante, poiché testimoniano la restaurazione del monachesimo greco, promossa dai re normanni, e i saldissimi legami con la cultura greco-bizantina. Nel cunicolo settentrionale, su una delle pareti dell’ambiente centrale, si leggono le tracce di un affresco con la Teoria di Santi rappresentati in posizione ieratica e con il capo circondato dall’aureola, all’interno di arcate. La figura centrale, abbigliata con una veste sontuosa, solleva la mano destra nel gesto dell’orante, mentre stringe con la sinistra una croce con doppio braccio trasversale. L'ovale perfetto è incorniciato da una calotta gialla decorata con raffinati ricami e bende laterali ricadenti sulle spalle, e dai capelli, acconciati con fili di perle. Questo personaggio è stato identificato con Santa Lucia, martire a Siracusa intorno al 304 durante le persecuzioni di Diocleziano. Il santo alla sua destra indossa un abito rosso e un mantello giallo ricamato con pietre preziose e solleva la mano destra in atto benedicente, mentre con la sinistra stringe un oggetto che è stato identificato come un coltello, attributo che riconduce all’apostolo Bartolomeo.
L'affresco dei Santi, pur avendo perso l'originario splendore, costituisce una testimonianza di alto livello della cultura pittorica bizantina, databile tra il XII e il XIII secolo. Esso trova stringenti analogie con affreschi rupestri dell’Italia meridionale e della Sicilia orientale e documenta le strette relazioni che intercorrevano tra le comunità religiose di rito greco. Alla fine del XII secolo, Santa Maria della Grotta, rimasta senza monaci per motivi ignoti, venne unificata con l'omonima abbazia palermitana. Insieme a quest'ultima, nel 1555, fu consegnata da Carlo V ai Gesuiti, nelle cui mani rimase fino allo scioglimento definitivo dell'Ordine in Sicilia nel 1860.

L'Impronta Barocca dei Gesuiti e l'Ampliamento del XVIII Secolo
Le vicende della chiesa tra la metà del Cinquecento e il Settecento sono poco note, ma diverse testimonianze pittoriche dimostrano che il complesso ipogeico continuò a essere frequentato per l'uso liturgico. Verso la metà del XVI secolo, per volere di Carlo V, l'abbazia passò ai Gesuiti. È certo che la chiesa doveva trovarsi in stato di abbandono quando i Gesuiti, negli anni compresi tra il 1712 e il 1714, affidarono il progetto di rifacimento della più antica chiesa ipogea, rovinata per la forte umidità, all'allora giovane e promettente architetto trapanese Giovan Biagio Amico, architetto civitatis Drepani.
La fase edilizia e monumentale più rilevante della chiesa risale dunque al XVIII secolo. Fu realizzata una grande aula rettangolare a navata unica, posta ad un metro al di sotto del piano della latomia, interamente rivestita di stucco bianco e scandita da quattro cappelle laterali (due per lato) inquadrate da grandi archi e modanature a profilo continuo di “ordine gigante”. La copertura, molto più alta rispetto a quella della chiesa precedente, fu coronata da una cupola rivestita da mattonelle verdi in maiolica invetriata e scandita da costoloni in tufo, in tutto simile a quella del campanile del Carmine. Un oculo posto sull'ingresso principale e la cupola costituivano le uniche fonti di luce del complesso ipogeico. Una leggiadra balaustra sormontava il recinto della facciata. Inoltre, l'accesso alla chiesa fu realizzato in modo scenografico con un'ampia scalinata a rampe spezzate, a quattro rampe, costruita all'interno della latomia che dal piano di campagna immette nel fondo della stessa.
Nel 1491, prima dell'intervento gesuita, era già stata collocata nella chiesa una statua in marmo raffigurante la "Madonna con Bambino", opera di Gabriele di Battista e Giacomo di Benedetto.

Il Patrimonio Artistico e Pittorico
Gli unici elementi decorativi interni ancora esistenti, seppur in precario stato di conservazione, sono gli affreschi. Questi dipinti, eseguiti in epoche diverse, possono essere suddivisi in tre gruppi principali. Tra gli affreschi spiccano: la "Lapidazione di Santo Stefano" della fine del XIII secolo, i "Santi Bizantini" e una Madonna quattrocentesca posti nell'ipogeo settentrionale; nell'ipogeo meridionale si rilevano invece le figure ad affresco della "Madonna", di "San Giovanni" e di "San Matteo Evangelista".
I dipinti più antichi, relativi alla vita di Cristo, sono visibili sulle pareti rocciose, mentre sulla parete che separa le due navate si dispiega una sequenza di Santi olosomi, e nella cappella presbiteriale affreschi più tardi raffigurano scene dell’Infanzia di Cristo. Opera di diversi e molteplici artisti succedutisi nel corso del tempo, gli affreschi testimoniano una vivacità culturale che si avvale di esperienze e risonanze artistiche provenienti da San Vincenzo, da Montecassino e dalla chiesa di Sant’Angelo in Formis, in un territorio che diventava crocevia culturale. Il ciclo della vita di Cristo fa parte della decorazione più antica, presumibilmente realizzata verso la fine del XIII e l’inizio del secolo successivo. Le immagini che si estendono sulla parete rocciosa sembrano condividere la cultura diffusa nelle terre meridionali, fortemente caratterizzate da ascendenze tardo-comnene di derivazione balcanica, ma che paiono impregnate di sentori gotici.
Il Declino e le Sfide della Conservazione
Dopo lo scioglimento della Compagnia di Gesù in Sicilia nel 1860, la chiesa passò al Demanio dello Stato nel 1866. Chiusa al culto per un lungo periodo, venne riaperta dopo la Prima Guerra Mondiale. Tuttavia, durante la Seconda Guerra Mondiale subì ingenti danni, e successivamente l'incuria ne aggravò lo stato di conservazione, compromettendo i pochi elementi ancora esistenti. La chiesa rimase aperta al culto fino al 1968, quando fu chiusa a causa dei crolli provocati dal terremoto. Nonostante sia così emblematica per la storia della città da essere raffigurata sullo stemma civico del 1577, che ancora oggi corona l’ingresso al Municipio, Santa Maria della Grotta non si è salvata da un progressivo degrado, aggravato da eventi sismici e dalla mancata manutenzione.