La chiesa di Santa Maria delle Grazie, la cui fondazione è avvolta nel mistero della memoria ma è certamente molto antica, è stata la sede dell'istituzione eretta il 22 settembre 1985 da mons. Renato Spallanzani, vescovo diocesano. Tale istituzione fu riconosciuta civilmente il 15 novembre 1986 con decreto del Ministero dell’Interno.
Il 9 ottobre 1573, la chiesa fu concessa ai padri Carmelitani di Sant’Antonio dal Card. Giulio della Rovere.
Il Prodigio della Fondazione
Secondo le narrazioni di Cecconi, l’erezione della chiesa è strettamente legata a singolari prodigi. La tradizione vuole che a Palestrina vivesse una povera e innocente fanciulla che, mendicando il vitto per la città durante il giorno, si ritirava la sera in campagna, tra una siepe di spine. Un giovinastro, seguendola più volte, osservò che non appena quella devota verginella giungeva, il roveto le apriva prodigiosamente la strada. Tale fama si diffuse in città e la donzella, interrogata sull'accaduto, riferì con innocente semplicità di essere accolta caritatevolmente da una benigna Signora col Figliuolino nel seno, all'interno di una piccola Cona. Propalatasi questa novella, molti corsero per naturale curiosità a tagliare quello spinaio, e vi trovarono un’immagine di Maria con il Divin Verbo sulle braccia. La moltitudine del popolo che vi accorse fu immensa, così come furono numerosi i benefici che Dio si degnò di profondere pietosamente verso gli adoratori di quella sacra effige.

In gratitudine per così singolari prodigi, fu in breve tempo eretta una Chiesa in quel luogo.
Ampliamenti e Decorazioni Storiche
Oltre all’altare maggiore, la chiesa era in origine ornata da altri due altari, oggi non più esistenti, eretti nel 1605 da padre Sebastiano Fantoni. Questi altari erano dedicati a Sant’Anatolia Vergine e Martire e alla Madonna del Carmine, e la loro realizzazione coincise con un periodo in cui padre Fantoni provvide anche a ingrandire la chiesa stessa. Il tempio divenne ben presto una meta di pellegrinaggi per gli abitanti di Palestrina e dei paesi vicini, testimoniando la profonda devozione popolare.
Danni Bellici e Restaurazioni Moderne
Il sacro edificio subì gravi danni a causa degli ultimi eventi bellici. Fu riparato da padre Mariano Zaralli, il quale in seguito promosse e realizzò, con un contributo statale, un restauro totale. Durante questa fase di rinnovamento, fu anche creata, in facciata, un mosaico raffigurante la Beata Vergine.

Nel settembre 1988, il parroco dell'epoca, Don Augusto Iacobini, commissionò la realizzazione di una vetrata artistica. Questa vetrata raffigura il martire Sant’Agapito, affiancato ai lati dai Santi Martiri Anastasio e Porfirio, arricchendo ulteriormente il patrimonio artistico e spirituale della chiesa.