Le prime attività investigative
Nell'immediatezza dei fatti avvenuti il 2 agosto 1980 presso la stazione ferroviaria, le autorità hanno intrapreso una serie di attività investigative capillari. La Polizia Giudiziaria ha proceduto a raccogliere a verbale le dichiarazioni dei feriti e dei conducenti di taxi in servizio da o per la stazione. Parallelamente, sono stati avviati accertamenti relativi alle numerose segnalazioni anonime pervenute e sono state raccolte le rivendicazioni dell'attentato giunte in vari capoluoghi. Gli inquirenti hanno inoltre controllato gli esercizi ricettivi bolognesi, verificando le presenze nel periodo precedente all'evento e sensibilizzando le fonti informative. Sono state eseguite diverse perquisizioni domiciliari, tra cui quelle a carico di soggetti come Naldi e De Orazi.

Sviluppi investigativi e collegamenti con l'eversione di destra
Le indagini si sono progressivamente focalizzate sul contesto dell'eversione di destra. Un rapporto della DIGOS ha evidenziato come, dopo lo scioglimento ufficiale di Ordine Nuovo e Avanguardia Nazionale nel 1977, i resti di tali formazioni avessero dato vita a nuovi organismi clandestini, tra cui il Movimento Rivoluzionario Popolare, Terza Posizione e i N.A.R. (Nuclei Armati Rivoluzionari). Tali gruppi si sono resi responsabili di una lunga serie di attentati di estrema gravità.
Il rapporto denunciava inoltre i legami tra queste formazioni e le Comunità Organiche di Popolo, nonché l'organizzazione universitaria F.U.A.N., descritta come un centro di attivismo terroristico in collegamento con i N.A.R. A supporto di tali ricostruzioni, sono state utilizzate informazioni provenienti da "fonti" note alla Procura, che indicavano contatti tra esponenti dell'eversione e richieste di ingenti quantità di esplosivo.
Le testimonianze dai circuiti carcerari
Una parte significativa dell'istruttoria si è basata su dichiarazioni raccolte all'interno degli istituti di pena. In particolare, alcuni detenuti hanno riferito di conversazioni udite tra esponenti dell'area eversiva. Ad esempio, il detenuto Ferreli ha confermato il contenuto di un rapporto dopo essere stato invitato da un altro recluso, Aurora, a porsi in ascolto presso le celle vicine. Le testimonianze di Nicoletti hanno ulteriormente corroborato questa dinamica, riportando commenti relativi alla gestione dei "ragazzini" coinvolti nelle azioni terroristiche.
I rapporti tra SISMI e magistratura
Un aspetto critico emerso durante le indagini riguarda i rapporti tra i servizi di sicurezza e la magistratura. La sentenza ha evidenziato come il generale Santovito, all'epoca direttore del SISMI, e il dottor Pazienza avessero messo a disposizione di un giornalista documenti classificati come "segreti". Tale operazione sembrava finalizzata a influenzare l'opinione pubblica e a dimostrare una presunta inefficienza delle indagini condotte dalla Polizia Giudiziaria, in contrasto con le attività svolte dal SISDE, che riceveva invece elogi dalla magistratura bolognese.
Progetti eversivi internazionali
Le indagini si sono spinte anche oltre i confini nazionali. È emersa l'esistenza di campi di addestramento in Libano, controllati dalle destre maronite, dove sarebbero stati addestrati gruppi di estremisti, inclusi italiani. Dalle informazioni raccolte, è emerso che alcuni militanti avrebbero discusso strategie per restaurare il nazifascismo attraverso attacchi contro le istituzioni, pianificando atti di eccezionale gravità in città amministrate dalla sinistra, come Bologna.
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