La Chiesa del Crocifisso, situata a San Giovanni in Persiceto, rappresenta un importante tassello nella storia religiosa e civile della città. La sua origine affonda le radici nel XIII secolo, legata alla figura del Beato Eremita Riniero Fasani da Perugia. Quest'ultimo, giunto a Bologna intorno al 1260, fondò una congregazione che ispirò per nome e finalità quella persicetana: la Compagnia di S. Maria della Scoppa.
Solo nel 1385 il Vescovo di Bologna, Ottaviano Ubaldini, riunì le due Società esistenti in un unico sodalizio, che assunse il nome di S. Maria della Scoppa. Successivamente, nel 1442, questo sodalizio intraprese la costruzione di una nuova chiesa e oratorio, contigui alla primitiva struttura. Oltre all'assistenza elemosiniera, la Compagnia si occupava anche di beneficenza ospedaliera, in collaborazione con la sua consorella di S. Maria della Vita.
Nel 1738, la chiesa, il cui nome originario era S. Maria della Scoppa, vide l'inizio di un'importante trasformazione. La Confraternita della Scoppa, nel 1755, intraprese la costruzione di un nuovo e vasto oratorio. Questa nuova struttura fu arricchita con quattro dipinti ovali e una pala raffigurante "Cristo alla colonna", elementi che, contornati da cornici in stucco, si sono preservati fino ai giorni nostri.
Con la "Restaurazione", successiva alla caduta di Napoleone, nel 1819 vennero ricostituite le compagnie del Suffragio e della B.V. Addolorata. A queste si aggiunse nel 1905 una nuova Confraternita, dedicata al SS. Crocifisso. Questa confraternita, eretta nel 1820, si trasferì in seguito all'abbattimento della Chiesa della B.V. Addolorata, trovando nuova sede nella chiesa attuale, dedicata prima alla Madonna Addolorata e poi al prezioso Crocifisso ligneo.
L'interno della chiesa, originariamente a croce greca, presenta oggi una pianta quadrata a causa della scarsa lunghezza dei bracci, ad eccezione di quello dell'altare maggiore. Nel corso del XX secolo, l'ambiente è stato convertito in Sacrario ai Caduti delle due guerre. Questo ha comportato l'elevazione di due imponenti lapidi speculari, che negli anni '50 hanno sostituito gli originari altari laterali. Fortunatamente, l'antico altare maggiore è stato preservato da questo revisionismo celebrativo e commemorativo. Al suo interno, incastonato nell'ancona, resiste il pregevole crocifisso ligneo, un'intaglio di scuola donatelliana risalente al tardo Quattrocento. Questo crocifisso fu portato in dote dalla omonima Compagnia nel 1905, estromettendo la statua in cartapesta della B.V. Addolorata, che è stata relegata in una nicchia laterale.
La storia di San Giovanni in Persiceto, come testimonia la stessa Chiesa del Crocifisso, è profondamente legata alla sua evoluzione urbana e sociale. Il toponimo è attestato a metà dell'VIII secolo come Persisido e nel 936 come Sancti Iohannis in Persiceta. La prima parte del nome deriva dal culto di San Giovanni Battista, mentre la seconda (persicetum) indica un pescheto, ovvero un frutteto con alberi di pesco.
Il territorio fu abitato fin dalla preistoria, con testimonianze dell'antica civiltà del bronzo e della prima età del ferro. La presenza di comunità galliche è ritenuta probabile, così come l'occupazione romana, attestata dalle tracce della centuriazione risalente al II secolo a.C.
Durante il tardo impero romano, le fonti storiche sono scarse. È probabile che le popolazioni locali furono toccate dalle invasioni barbariche e certamente dalle alluvioni, le cui conseguenze sono ancora evidenti nella zona orientale della città. Le terre abbandonate divennero paludose e boscose, fino a quando, sotto il dominio dell'Esarcato di Ravenna, furono riprese le opere di contenimento delle acque.
In epoca bizantina, una linea difensiva fu eretta contro i Longobardi. Tuttavia, intorno al 727, con Liutprando, i Longobardi sfondarono questa linea e occuparono il castrum Persiceta. Caduto il regno Longobardo nel 774, il distretto altomedievale di Persiceto appartenne a lungo al Contado di Modena. Successivamente, esercitò la propria supremazia l'abbazia di Nonantola, ma si ritiene che già nel IX secolo il territorio passasse al Contado bolognese. È probabile che verso la metà di quel secolo sorgesse la pieve di San Giovanni ad opera dei vescovi di Bologna.
Dopo un breve periodo di autonomia tra l'XI e il XII secolo, il Comune di San Giovanni in Persiceto passò sotto il dominio politico di Bologna, seguendone le sorti. Fu soggetto alla signoria dei Pepoli, dei Visconti, dei Bentivoglio e, all'inizio del XVI secolo, fu definitivamente assoggettato al dominio pontificio.
Il "castello" o "terra" di San Giovanni in Persiceto si ampliò nei secoli XIII e XIV con la formazione di una seconda cerchia di mura e la creazione di borghi esterni. A causa della ribellione dei Persicetani, nel XV secolo i borghi esterni furono distrutti e le fortificazioni abbattute. Negli anni successivi, il castello fu munito di nuovi bastioni, assumendo una forma rimasta sostanzialmente invariata per circa quattro secoli.
Negli ultimi decenni del dominio bentivolesco, fu avviata l'escavazione del Cavamento, un collettore delle acque che rese coltivabili e abitabili vaste zone del territorio settentrionale. In questo periodo, fu costruita una nuova chiesa e istituita la parrocchia di San Matteo della Decima.
Durante il XVI secolo, il territorio persicetano fu attraversato da eserciti stranieri. Nacquero l'istituto della Partecipanza agraria e la ripartizione novennale dei beni comuni. Il centro urbano subì un processo di impoverimento, mentre il mercato settimanale del mercoledì manteneva la sua floridezza grazie ad antichi privilegi.
Nei due secoli successivi, si assistette a un notevole sviluppo edilizio, soprattutto all'interno del castello. Scomparvero progressivamente i "broletti" per far posto a nuove costruzioni. Furono distrutti o modificati antichi edifici medievali, costruiti conventi e chiese, tra cui la Collegiata in piazza del Popolo, che sostituì la vecchia pieve. Venne edificato il teatro comunale e sulle fondamenta dell'antica rocca sorse l'ospedale SS. Salvatore, oggi sede della biblioteca comunale.
Durante il periodo napoleonico, le parrocchie del territorio furono aggregate in quattro cantoni. La nuova Municipalità di S. Giovanni in Persiceto fece parte del Dipartimento dell'Alta Padusa e successivamente divenne capoluogo della Municipalità distrettuale del Samoggia. Dopo la costituzione della Repubblica italiana, San Giovanni in Persiceto tornò a dipendere da Cento.
Dopo la Restaurazione, furono eseguiti notevoli lavori di miglioramento edilizio. Nel 1838, il papa Gregorio XVI concesse a San Giovanni in Persiceto il titolo di città. Alcuni giovani persicetani parteciparono alle guerre d'indipendenza. Tuttavia, nel 1869, la città fu teatro di una memorabile ribellione dei contadini contro l'introduzione della tassa sul macinato.
La storia persicetana degli ultimi cento anni è caratterizzata da aspre lotte agrarie e dall'affermazione di movimenti operai e socialisti. Nel XX secolo si formarono le prime leghe di resistenza, cooperative e partiti politici moderni. Durante la Seconda guerra mondiale, nel Persicetano si organizzò la resistenza contro i nazifascisti, con azioni di sabotaggio sulla linea ferroviaria e sulle strade.
Dopo gli anni Cinquanta, San Giovanni in Persiceto subì profonde trasformazioni, passando da un'economia prevalentemente agricola a un'economia industriale e commerciale. La popolazione addetta ai lavori agricoli diminuì drasticamente, mentre aumentò quella impiegata nel settore industriale e terziario. La città si espanse, diventando anche sede di istituti scolastici superiori.
Attualmente, San Giovanni in Persiceto ospita il Museo del Cielo e della Terra, un ente che aggrega diverse strutture dei Comuni dell'area e che è gestito grazie alle associazioni locali di volontariato. È presente anche il Museo d'Arte Sacra e Quadreria Civica, che raccoglie opere provenienti da enti ecclesiastici e non del territorio.
Dal 1874, ogni anno a febbraio, si svolge il Carnevale Storico Persicetano, la cui maschera ispiratrice è Bertoldo, il contadino protagonista dei racconti di Giulio Cesare Croce.